مطابق با تبصره (۲) ماده (۷۲) قانون بخش تعاون (مصوب سال ۱۳۷۰؛ اصلاحیه سال ۱۳۹۳) وزارت‌خانه‌های تعاون، کار و رفاه اجتماعی و کشاورزی موظف شده‌اند ضمن حمایت یکسان از تعاونی‌های کشاورزی، طی ۳ ماه پس از لازم‌الاجرا شدن این قانون با پیشنهاد وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی و هماهنگی با وزارت جهاد کشاورزی، آیین‌نامه این ماده را مشتمل بر تفکیک وظایف و اختیارات حاکمتی و نظارتی در حوزه تعاونی‌های مشترک بخش کشاورزی به تصویب هیأت وزیران برسانند؛ اما تاکنون این موضوع اجرایی نشده که منجر به تضعیف اتحادیه‌های کشاورزی تحت پوشش وزارت تعاون شده است.
بر این اساس نمایندگان اتاق تعاون با انتقاد از ترک فعل صورت گرفته از دبیرخانه کمیته حمایت از کسب‌وکار درخواست کردند تا طی جلسه‌ای با حضور نمایندگان دو وزارت‌خانه، دلایل به تعویق افتادن این مهم بررسی شود چراکه این اتفاق موجب تضعیف بخش تعاونی کشور در حوزه کشاورزی شده است.
به اعتقاد اتاق تعاون یکی از مزیت‌های بخش تعاونی به حوزه کشاورزی اختصاص دارد و برای موفقیت بیشتر در این حوزه لازم است تا حد ممکن فضا را رقابتی کرده و دخالت دولت‌ها را کاهش دهیم. از طرف دیگر با این رویکرد به امنیت غذایی کشور که مهم‌ترین دغدغه هر کشوری است، کمک می‌کنیم.
بخش تعاونی کشور منتقد بی‌توجهی وزارت کشاورزی به حوزه تعاونی‌هاست. از سال ۱۳۹۳ بخش تعاونی کشور منتظر تدوین آیین‌نامه اجرایی تبصره (۲) ماده (۷۲) قانون بخش تعاون است که تاکنون روی زمین باقی مانده و این موضوع عین ترک فعل بوده و از سوی تعاونی‌ها قابل پذیرش نیست. از سویی در وزارت کشاورزی، تعاونی‌هایی به استناد قانون تشکیل شده‌اند که این وزارت‌خانه کلیه امکانات موجود را در اختیار همین تعاونی‌ها قرار داده است و سایر تعاونی‌ها را به حساب نمی‌آورد و به نظر می‌رسد حاضر نمی‌شود در تدوین این آیین‌نامه همکاری کند.
در واکنش به اظهارات نمایندگان اتاق تعاونی، نمایندگان سازمان مرکزی تعاون روستایی از تمایل وزارت کشاورزی برای تدوین آیین‌نامه اجرایی مذکور سخن گفتند و اینکه تنها وزارت‌خانه، امکانات را به تعاونی‌های خود محدود می‌کند، بی‌انصافی توصیف کردند چراکه تعاونی‌ها را مهم‌ترین بازوی اجرایی و تامین نیازهای بازار دانستند و دسترسی به امکانات را برای همه تعاونی‌ها یکسان عنوان کردند.
طبق آنچه در این نشست مطرح شد، درباره تدوین آیین‌نامه مذکور، جدی‌ترین مذاکرات در سال ۹۴ انجام شد و در همان دوران دو دستگاه به اختلاف‌نظرهایی رسیدند که درنهایت به مداخله معاونت حقوقی دولت منجر شد و در نهایت موضوع به جمع‌بندی نرسید.
در همین رابطه عدم اهتمام وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی به عنوان دستگاهی که باید پیش‌نویس اولیه این آیین‌نامه را تهیه کند، مورد انتقاد قرار گرفت. طبق آنچه در قانون بخش تعاون دیده شده وظیفه تهیه پیش‌نویس برعهده وزارت تعاون بوده که باید با همکاری وزارت کشاورزی این کار را انجام دهد.
در نهایت محمد اسکندری، مدیر دبیرخانه کمیته حمایت از کسب‌وکار با تاکید بر وجود اختلاف‌نظرها بین دو دستگاه و از طرفی روی زمین ماندن این تکلیف قانونی که به بخش تعاونی در حوزه کشاورزی آسیب زده است، از نمایندگان دستگاه‌های اجرایی خواست تا ظرف یک ماه آینده پیش‌نویسی که تهیه شده و به ادعای وزارت کشاورزی، تنها توافق درباره ۳۰ درصد آن باقی مانده است را در چارچوب کارگروهی که در وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی برگزار می‌شود، نهایی کنند و جمع‌بندی آن را در نشست کارگروه حمایت از کسب‌وکار ارائه دهند.